Katharina von Bourbon wurde am 7. Februar 1559 geboren und war das jüngste überlebende Kind von Johanna von Albret und Anton von Bourbon. Im Gegensatz zu ihrem älteren Bruder, später bekannt als Heinrich IV von Frankreich, konnte sie ihre Kindheit an der Seite ihrer Mutter verbringen. So wuchs Katharina in der Obhut ihrer Mutter auf und wurde von Kindesbeinen an reformiert erzogen. Sie folgte der Mutter nach La Rochelle und später nach Paris für die Verhandlungen um die Hochzeit ihres Bruders mit Marguerite de Valois, Königin Margot genannt. Als Johanna von Albret im Juni 1572 in Paris verstarb, blieb Katharina bis zur Hochzeit in Paris. Nach der Bartholomäusnacht musste sie sich wie ihr Bruder und ihr Vetter, der Prinz von Condé, zum Katholizismus bekehren, um ihr Leben zu retten.
Von 1572 bis 1576 wohnte sie am Hof der Valoiskönige, aber in Januar 1576 konnte sich ihr Bruder absetzen und Katharina wurde ihm als unbedeutendes Anhängsel hinterhergeschickt. Kaum hatte sie Paris verlassen, machte sie ihre Rückkehr zum reformierten Glauben bekannt. Nur mit Mühe und Not ließ sie sich überreden, ihren Beichtvater etwas länger zu behalten, um der drohenden Konsequenz zu entgehen, wieder nach Paris zum Hof zurückgeholt zu werden. In Châtellerault konnte sie endlich wieder in die reformierte Kirche aufgenommen werden, und als sie in Niort ihren Bruder traf, überredete sie ihn, dass auch er wieder seinen reformierten Glauben annehmen möge.
Im Jahr 1577, als die Glaubenskriege wieder ausbrachen, wurde sie seine Statthalterin in Béarn und Navarra. Dieses Amt versah sie mit Unterbrechungen bis 1593. Während dieser Zeit erwies sie ihre Geschicklichkeit im Umgang mit der Ständeversammlung und es oblag ihrem Aufgabenbereich, ausreichend Geld für die Feldzüge ihres Bruders zur Verfügung zu stellen. Ihre Beliebtheit bei der Ständeversammlung lässt sich auch daran ablesen, dass es ihr immer gelang, die für die Feldzüge nötigen finanziellen Ressourcen durch die Ständeversammlung bereitgestellt zu bekommen.
Obwohl sie keine Schönheit war, war sie doch als Ehepartnerin begehrt und ihr Bruder hatte immer neue Heiratspläne, die von politisch strategischen Überlegungen motiviert waren.
So brachte Heinrich nach der Schlacht von Coutras 1587 seinen jungen Vetter Charles, Graf von Soissons, mit und stellte ihn Katharina vor. Er stammte aus der zweiten Ehe des Prinzen Ludwig von Condé, dem jüngeren Bruder des Anton von Bourbon, und wurde 1566 geboren. Der Prinz von Condé – in Gegensatz zu Anton von Bourbon ein leidenschaftlich Reformierter – war in der Schlacht von Jarnac 1569 gefallen. Die Mutter, Françoise von Orléans und Longueville, war nach der Bartholomäusnacht zum Katholizismus konvertiert und der Sohn, Charles von Soissons, war als Katholik aufgewachsen. In der Schlacht von Coutras hatte er Heinrich treue Dienste erwiesen, weshalb er Katharina vorgestellt wurde.
Es wurde eine schicksalhafte Begegnung: die beide verliebten sich ineinander. Eine im Jahr 1587 politisch günstige Ehe nach Ansicht Heinrichs III von Navarra wurde jedoch politisch brisant, als Heinrich König von Frankreich wurde. Seine Hausmacht bestand hauptsächlich aus Hugenotten aus dem Süden Frankreichs, dagegen konnte Soissons als katholischer König vermählt mit einer Hugenottin für sehr viele moderate Franzosen – die sogenannte dritte Partei zwischen den Hugenotten und der katholischen Liga – durchaus wünschenswert sein. Heinrich IV von Frankreich war zu dem Zeitpunkt immer noch reformiert und hatte große Schwierigkeiten Paris zu erobern und überhaupt Anerkennung für seine geerbten Titel zu erreichen. Ein hugenottischer König war für die meisten Franzosen unvorstellbar; deshalb verbat er seiner Schwester ihren Vetter zu heiraten. Da jedoch Katharina – als mittlerweile volljährige Frau – selbst die Entscheidung oblag, widersetzte sich Katharina dem Verbot, indem sie und der Graf von Soissons im Jahr 1592 einander schriftlich die Ehe versprachen. Als Heinrich davon hörte, ließ er sofort den Grafen einsperren und Katharina in das zwischenzeitlich eroberte Paris bringen.
Katharina fügte sich. Sie bekam einen Stadtpalast in Paris, wurde als „madame“ tituliert und trat als erste Dame am Hofe auf, da der König zwar noch mit Margot verheiratet war, diese aber in der Auvergne lebte. Die Ehe des Königspaares war seit langem zerrüttet und Heinrich lebte zu der Zeit mit Gabrielle d´Estrées zusammen. Im Jahr 1593 trat der König zum Katholizismus über. In den folgenden Jahren wurde Katharina die Anführerin der Hugenotten. Sie begann einen Briefwechsel mit dem alten Freund ihrer Mutter, Thedor Beza in Genf, der sie nach Kräften unterstützte. Sie hielt in ihrem Palast und in Louvre öffentliche Gottesdienste ab, die so gut besucht waren, dass man bei einer Gelegenheit von sechs- bis siebentausend psalmensingenden Gottesdienstbesuchern in mehreren Sälen im Louvre berichtete.
Außerdem veranstaltete sie Bälle und Ballettvorführungen. Zwar war sie Hugenottin, aber Musik und Tanz waren ihr Vergnügen. Sie war immer prunkvoll und farbenfroh gekleidet, behangen mit Schmuck, so dass der alte Minister Elizabeths von England, Cecil, in seinen Briefen nach Hause meinte, es sei zu viel des Guten. Trotz ihrer Lebenslust wurde sie jedoch immer als eine tugendhafte Prinzessin angesehen, nie wurde ihr ein Liebhaber nachgesagt, während ihr Bruder bekannt war für ein vielfältiges Liebesleben. Sie hatte jedoch immer ein sehr gutes Verhältnis zu seinen festen Partnerinnen, prüde war sie nicht.
Katharina konnte die Reformierten bis zum Edikt von Nantes (1598) unterstützen. Dann verlangte Heinrich von ihr, sie solle katholisch werden und Heinrich, den Marquis von Pont-à-Mousson, den späteren Herzog von Bar, heiraten. Sie willigte in der Ehe ein, willigte auch in den Unterricht im katholischen Glauben ein, beschloss aber heimlich, reformiert zu bleiben. Die Ehe wurde 1599 geschlossen. Sowohl der König als auch ihr Gatte waren überzeugt, dass sie sich doch bekehren würde. Ihr Mann stammte aus dem Hause Lorraine, das in den vergangenen Glaubenskriegen immer radikal katholisch gewesen war. Heinrich IV wollte diese Familie mit der königlichen verbinden, um den Frieden im Reich zu festigen. Er war überzeugt, Katharina würde sich schon fügen.
In Lorraine hielt sie jedoch zäh an ihrem reformierten Glauben fest. An große öffentliche Gottesdienste wie in Paris war nicht mehr zu denken, aber sie und ihre Hofdamen konnten private Gottesdienste mit reformierten Pastoren feiern. Ihr ob so viel Starrsinns verzweifelter Gatte strebte eine Scheidung in Rom an. Aber bevor es dazu kommen konnte, starb Katharina am 13. Februar 1604. Sie starb in der Hoffnung, endlich schwanger zu sein (obwohl es sich wahrscheinlich eher um einen Geschwulst im Unterleib handelte) und sie starb als Reformierte, so wie sie gelebt hatte.
Katharinas Wirken ist eng verknüpft mit zwei verschiedenen geografischen Räumen: ihre Ländereien in Südfrankreich, vor allem das kleine Königreich Navarra und das etwas größere Béarn. Als Regentin für ihren Bruder zeigte sie sich als eine gute Verwalterin und ihr umsichtiges Wirtschaften machte es ihm möglich, so lange Krieg zu führen, bis er schließlich die Krone Frankreichs gewonnen hatte. Ihr Wunsch, Charles von Soissons zu heiraten, führte jedoch dazu, dass Heinrich sie nach Paris an seine Seite und unter seine Aufsicht stellte.
Ihr anderer Wirkungsbereich war Paris. Zwar ist Paris symbolisch in Katharinas Leben immer auch ein goldener Käfig gewesen, dennoch ist dies der Ort, an dem sie in ihre Rolle als Königin der Hugenotten hineinwuchs. Erst nach dem Edikt von Nantes kam sie im Zuge ihrer aus politischem Kalkül arrangierten, als lieblos zu bezeichnenden Ehe nach Lorraine. Hier konnte sie nur als Privatperson leben – und sterben.
Katharina sog den reformierten Glauben förmlich mit der Muttermilch auf (wenn sie eine Amme gehabt hätte, wäre diese wahrscheinlich auch eine Hugenottin gewesen!). Ihr Leben lang war der Glaube mit dem Gedanken an ihre Mutter verbunden. Katholische Prediger hatten behauptet, Johanna von Albret würde in der Hölle schmoren – auch aus diesem Grund wehrte Katharina sich gegen die Annahme der katholischen Konfession. Die Liebe zur Mutter und die reformierte Theologie verschmolzen bei ihr zu einer unverbrüchlichen Einheit.
In Pau war sie Statthalterin über ein Gebiet, wo Dank ihrer Mutter der reformierte Glaube weite Verbreitung erfahren hatte. Sie war als Regentin für ihren Bruder Haupt der Kirche. Die finanzielle Unterstützung, die sie Heinrich zugutekommen ließ, war zudem eine Investition in eine protestantische Zukunft von Frankreich. Die Hugenotten setzten all ihre Hoffnungen in diesen reformierten Thronanwärter.
Desto größer war die Enttäuschung über seinen Übertritt zum Katholizismus. Nicht wenige Hugenotten folgten dem Beispiel des Königs und konvertierten ebenfalls. Unter denen, die reformiert blieben, wurde nach 1593 Katharina ihre Fürsprecherin bei Hofe und stand im engen Kontakt mit den Synoden der Kirche. Sie überredeten die Hugenotten, das Edikt von Nantes zu akzeptieren. Der alte Reformator Theodor Beza, der Nachfolger Calvins in Genf, hatte lange Zeit mit Heinrich zusammengearbeitet, dann wurde er der Ratgeber und die Stütze von Katharina. Von 1593 bis ihrem Tod 1604 standen sie in regelmäßigem Briefkontakt. Er hatte ihrer Mutter geholfen, Béarn und Navarra zu reformieren, jetzt ermunterte er die Tochter an ihrem Glauben festzuhalten.
So wurde Katharina bis zu ihrem Tod ein Beispiel für ein Standhalten im Glauben auch unter widrigen politischen Bedingungen für alle Hugenotten.
Die drei Generationen, Margareta von Navarra, Johanna von Albret und Katharina von Bourbon spiegeln der Schicksal der Reformierten in Frankreich. Für Margareta war es noch möglich, wohlwollendes Interesse für die neue Lehre zu zeigen und reformatorisches Gedankengut aufzunehmen, ohne sich zu verpflichten.
Johanna lebte in der Zeit der Konfessionalisierung. Als sie sich zum reformierten Glauben bekannte, hatten die reformierten Gemeinden großen Zulauf. Calvin konnte auf ein reformiertes Frankreich hoffen. Der Hochadel – wie die deutschen Fürsten – machte aus den Reformierten eine politische Partei, man hoffte auf Unterstützung durch Katharina von Medici, die einem Übertritt geneigt zu sein schien, sich eher auf die Hugenotten als auf die ultrakatholische Familie von Guise stützend. Stattdessen brachen die Religionskriege aus und sowohl Hugenotten als auch Katholiken wurden radikaler. Der Süden Frankreichs war eine Hochburg der reformierten Anhängerschaft, während der Norden – vor allem Lorraine und Champagne – katholisch blieb.
In den letzten Jahren von Katharina von Bourbon wurden die Hugenotten eine bedrängte Minderheit. Mit zähen Verhandlungen gelang es ihnen, das Edikt von Nantes durchzusetzen. Im Laufe der Jahre hatte es mehrere Edikte gegeben, die gleich viel Sicherheit oder noch größere Privilegien den Hugenotten zugestanden hatten. Alle Edikte waren jedoch entweder vom König selbst oder von den örtlichen Behörden unterlaufen worden. Heinrich IV war, anders als seine Vorgänger, fähig und willens, das Edikt wirklich durchzusetzen. Erst 1685, unter Ludwig XIV, wurde das Edikt wieder aufgehoben.
Der Preis für diesen Religionsfrieden bezahlte Heinrich, indem er konvertierte. Die Tragödie seiner Schwester bestand darin, dass ihre erste Liebe politisch zu brisant geworden war und die politisch korrekte Ehe mit dem Herzog von Bar jeder Liebe entbehrte. Sie wollte nicht ihre Konfession an die politische Großwetterlage ihrer sie bestimmenden Nahbeziehungen einfach anpassen und blieb daher eine der Prinzessinnen, die ihr Lebensglück den Anforderungen der Politik opfern musste.